Anthony Bourdain sinh ngày 25 tháng 6 năm 1956 tại thành phố New York và là con trai lớn của hai người con trai của  Pierre và Gladys (nhũ danh Sacksman) Bourdain. Mặc dù Bourdain không được nuôi dưỡng trong một tôn giáo cụ thể, cha anh là người Công giáo, còn mẹ anh là người Do Thái . Bourdain tuyên bố rằng mặc dù ông được Do Thái giáo coi là người Do Thái, "Tôi chưa bao giờ ở trong giáo đường. Tôi không tin vào một quyền lực cao hơn. Nhưng điều đó không làm tôi bớt Do Thái, tôi không nghĩ thế." Gia đình anh cũng không theo đạo.

Vào thời điểm Bourdain chào đời, cha anh là nhân viên bán hàng tại một cửa hàng máy ảnh ở thành phố New York cũng như quản lý sàn tại một cửa hàng băng đĩa. Pierre Bourdain sau đó trở thành giám đốc điều hành cho Columbia Records ,  và Gladys Bourdain là biên tập viên nhân viên của tờ New York Times .  Ông bà nội của Bourdain là người Pháp; ông nội của anh ấy di cư từ Arcachon đến New York sau Thế chiến thứ nhất .  Cha của Bourdain đã dành mùa hè ở Pháp khi còn là một cậu bé và lớn lên nói tiếng Pháp.

Bourdain dành phần lớn thời thơ ấu ở Leonia, New Jersey .  Trong một cuộc phỏng vấn năm 2014, Bourdain đã nói về việc trong những năm 1960, sau khi xem phim, anh sẽ đến một nhà hàng sau đó với bạn bè để thảo luận về bộ phim.  Khi còn trẻ, Bourdain là thành viên của Hội Hướng đạo Nam Mỹ .